La Junta de Vigilancia del Río Choapa y sus Afluentes tiene por objetivo administrar y distribuir las aguas superficiales y subterráneas del río Choapa y sus afluentes, de acuerdo a los derechos de aprovechamiento de cada usuario, velando por la cantidad y calidad del recurso, representando a los regantes ante el Estado y los sectores privados, apoyando la gestión de las Comunidades de Aguas y el desarrollo de la cuenca del mismo río.